A origem do povoado de São Francisco Xavier está ligada ao fato, da localidade ter sido passagem e pouso de tropeiros que vinham de Minas Gerais comercializar em São José. O Distrito foi criado oficialmente, através da Lei Estadual nº 59 de 16 de agosto de 1892 e devido ao seu relativo isolamento, passou por um longo período cuja sobrevivência dependeu exclusivamente da agropecuária.

    Situado ao norte do município, com 322 km² de área, São Francisco Xavier convive com uma paisagem natural privilegiada com fortes declives e grandes altitudes cuja culminância, é o Pico de Selado com 2.082 metros, onde se avista as cidades vizinhas compondo um relevo harmonioso de montanhas e vales.

    O Distrito de São Francisco é considerado uma área de Proteção Ambiental Federal, por fazer parte da Bacia Hidrográfica do Rio Paraíba do Sul. A nível de Município, o Distrito é amparado pela Lei nº 4212 de 24 de junho de 1992 que vincula o uso e ocupação do solo, ao bem estar da população e à preservação ambiental.

    São Francisco Xavier agora também é APA Estadual pela Lei n° 11.262 de 8 de novembro de 2002.

    A vila está a 720 metros de altitude e a uma distância de 54,8 km, por asfalto, de São José dos Campos e mantém ainda a característica de um pequeno povoado do interior, estando perfeitamente integrado ao modo de vida de todo o Distrito de São Francisco Xavier. Inclusive com a manutenção de algumas tradições tais como, o artesanato típico da região além de suas festas religiosas que atraem um número expressivo de pessoas.

    São Francisco Xavier tem várias trilhas para caminhadas e para mountain bike. Também há no Distrito uma rampa de vôo livre e, vários pontos com altitudes apropriadas para praticar paraglider além de diversos rios e córregos apropriados para a canoagem.

    O potencial turístico de São Francisco pela riqueza de seu meio ambiente é inegável entretanto, deve ser explorado com racionalidade tendo em vista a recuperação, preservação e utilização racional dos recursos naturais.

    Para atender o aumento da procura por São Francisco, tanto pelas suas festas tradicionais como para o turismo ecológico, o Distrito dispõe de hospedarias, pousadas e até áreas de camping, além de um crescente número de pessoas que lá construíram casas de campo devido ao clima de montanha da região