Clima
O clima de São Francisco Xavier, conforme a classificação de Koeppen é de Cwa (Mesotérmico Úmido).
Restaurador e tonificante, proporciona boas condições de saúde e de ânimo. Seus estímulos predispõem ao exercício físico, ao trabalho, ao apetite e ao sono. As noites, sempre frescas e repousantes, tem grande efeito regenerador. A umidade bem dosada é ótima para manter a pele sadia. A meia altitude oferece pressão atmosférica de excelente adaptabilidade e bem estar.
As precipitações abundantes ocorrem nos meses de novembro a março e correspondem a cerca de 70% anual, o restante, nos meses de maio a outubro. Ocorre, durante o ano a predominância de massa de ar tropical (50% do ano, seguidas pelas massas de ar frio).
A direção do vento predominante é do setor sudeste e a intensidade é 1,0 a 2,5 metros por segundos.
A umidade relativa anual é de cerca de 80%.

Hidrografia
O município de São José dos Campos está inserido na Bacia Hidrográfica do Rio Paraíba do Sul que atravessa longitudinalmente o município e caracteriza-se por possuir em sua margem esquerda afluentes mais significativos em volume de água que os existentes em sua margem direita onde destaca-se o Rio Jaguari e o Rio Buquira. Já em sua margem direita, ocorrem vários tributános, que se não apresentam um volume de água significativo, tem grande importância, porque percorrem toda a malha urbana e constituem grande parte do sistema de drenagem urbana do município destacando-se o Rio Comprido, o Rio Pararangaba e o Rio Alambari.
Dentro da riquíssima rede hidrográfica do município, de importância tanto para o abastecimento da população quanto para a pecuária, ressalta-se a existência do rio do Peixe, afluente do rio Jaguari, e que constitui uma extensa bacia hidrográfica que ocupa grande parte da região norte do município, cujas águas contribuem significativamente para a represa do Jaguari, grande reservatório da CESP para a produção de energia elétrica na região. A represa tem uma área de 96 km² com capacidade de 1,350 bilhão de metros cúbicos de água (hum bilhão e trezentos e cinqúenta milhões). Produção de energia elétrica em duas turbinas com potência de 27.600 kW.
Os rios que cortam o Distrito são:
• Rio das Cobras, na Serra do Guirra, a 27 km do Centro
• Rio Fartura, na Serra do Guirra, a 13 km do Centro
• Rio Guirra, na Serra do Guirra, a 17 km do Centro
• Rio Manso, na Serra do Queixo d'Anta, a 7 km do Centro
• Rio do Peixe, no Centro
• Rio Santa Bárbara, na Serra de Santa Bárbara, a 3 km do Centro

Os córregos, ribeiros e ribeirões que cortam o Distrito são :
• do Alegre, na Serra do Guirra, a 18 km do Centro
• do Cafundó, na Serra do Roncador, a 10 km do Centro
• do Chico Cândido, na Serra dos Poncianos, a 6 km do Centro
• do Cateto, na Serra do Queixo d'Anta, a 9 km do Centro
• das Couves, na Serra dos Poncianos, a 0 km do Centro
• do Ferreira, na Serra dos Poncianos, a 5 km do Centro
• do Guaxindiva, na Serra do Guaxindiva, a 4 km do Centro
• do Laranjal, na Serra do Queixo d'Anta, a 11 km do Centro
• do Machado, na Serra do Guaxindiva, a 4 km do Centro
• do Martins, na Serra do Selado, a 10 km do Centro
• do Palmital, na Serra do Palmital, a 8 km do Centro
• da Pedra Vermelha, na Serra da Pedra Vermelha, a 8 km do Centro
• do Roncador, na Serra do Roncador, a 17 km do Centro
• do Sabão, na Serra do Roncador, a 23 km do Centro
• da Santa Cruz, na Serra do Selado, a 10 km do Centro
• de São Pedro, na Serra do Guaxindiva, a 19 km do Centro
• de São Sebastião, na Serra do Roncador

Há diversas cachoeiras no Distrito. Você verá os detalhes na seção "Pontos Turísticos".
Em relação a marmitas, panelas e caldeirões há no Baixo Rio Fartura, cerca de 4,5 km abaixo (a jusante) da foz do Rio Guirra. Mais 1 km a pé, próximo a foz do Ribeirão Alegre, abaixo das linhas da Eletropaulo.
Há um paredão no baixo Rio Fartura, de difícil acesso, próximo a foz do Ribeirão Alegre, nas proximidades da confluência com o rio do Peixe, na fazenda Montes Claros.
Outro paredão é Via Rio Turvo : Subir de barco, depois de atravessar o rio do Peixe, no bairro do Juarez.

Relevo
A área do município de São José dos Campos situa-se no Planalto Atlântico, e inclui subdivisões naturais em zonas, determinadas por uma série de feições morfológicas distintas. Estas zonas estão representadas pela Serra da Mantiqueira, Médio Vale do Paraíba e Planalto de Paraitinga.
A zona da Serra da Mantiqueira compreende toda a escarpa que limita o Vale do Paraíba, ao norte, com o Planalto Sul-Mineiro. A passagem deste Planalto para o Vale do Paraíba acontece de forma gradativa de amplitudes maiores a menores, das formas de escarpas até os domínios de morros e colinas ou espigões isolados.
A zona do Médio Vale do Paraíba representa o setor central que separa a Serra da Mantiqueira, ao norte, do Planalto de Paraitinga, ao sul. Constitui-se em uma faixa alongada de direção ENE-WSW, com largura variando de 10 a 20 km. Contém um domínio central de substrato sedimentar, que inclui a planície do Rio Paraíba do Sul Predominam no geral colinas na forma de tabuleiros.
O Planalto de Paraitinga compõe uma zona geomorfológica limitando ao sul a zona do Médio Vale do Paraíba. Nela se situam terrenos que se nivelam ao redor de 700 m. Neste domínio estão presentes áreas serranas, cuja principal feição paisagística é dada por mar de morros, com amplitudes variáveis que diminuem gradativamente dos divisores de água para os vales principais, onde as serras dão lugar a morros e estes a morrotes e colinas.

Altitude
Algumas de suas elevações estão entre os pontos máximos do país, constituindo-se em forte atração turística. A culminância acha-se na Serra do Selado - Pico do Selado, com 2.082 m. de altitude, na confluência das Serras do Guirra e dos Poncianos, bem na linha divisória com Joanópolis-SP e Camanducaia-MG. Na Serra dos Poncianos, numa reta de 5 km, encontramos uma gama de variações, desde suas faldas no Vale do Rio do Peixe, com 700 m., até aos limites com Minas Gerais, nos ápices da Cordilheira, entre 1.700 e 1.800 m., destacando-se a Pedra Vermelha, com 1.816 m. Na Serra do Guirra, divisa com Joanópolis e Piracaia-SP, registram-se altitudes entre 800 e 1.400 m., distinguindo-se o Morro das Lavras, com 1.000 m.; a Serra do Queixo D'Anta, divisas com Sapucaí-Mirim-MG tem o ponto culminante no Pico Focinho D'Anta, com 1.712 m. A Serra do Palmital alcança 1.599 m.; a de Santa Bárbara, divisas com MG, Sapucaí-Mirim, chega a 1.600 m; na Serra do Guaxindiva, com teto de 1.299 m. no Morro do Púlpito, salienta-se ainda o Morro do Bugio, com 1.160 m. e a Serra do Roncador, se ergue a 1.050 m., nas divisas com Monteiro Lobato-SP. Já a sede do Distrito encontra-se a 720 m. de altitude.

Flora
A cobertura vegetal da região de São Francisco Xavier, como a que predomina na Serra da Mantiqueira, constitui-se da chamada Floresta Ombrófila Densa. São florestas do tipo montana, campos de altitude e florestas de neblina. A vertente atlântica da serra, mais úmida, se junta com a do interior, onde fica Monte Verde, Distrito de Camanducaia, MG, mais chuvosa.
Existem ainda nos sítios de mais fácil acesso, e por isso afetados pela ocupação humana, formações secundárias (capoeiras e capoeirões) e pastos, em que se mostram indícios de queimadas antigas, com árvores testemunhas de mais de 20 m de altura.
No inverno parte da vegetação perde a folhagem e as áreas de pasto ressecam, principalmente quando ocorrem geadas. Esta é a época mais propícia para a ocorrência de incêndios florestais. As queimadas estão proibidas e os proprietários locais respeitam a lei.
O bom da história é que devido a esse potencial paisagístico e ambiental, a região vem atraindo cada vez mais pessoas que compram propriedades de vegetação alterada e, por iniciativa própria, promovem reflorestamentos com espécies nativas. Aos poucos a paisagem vai recuperando suas matas originais, preservando as nascentes e a fauna vem voltando.

Fauna
A diversidade de ambientes (mata, pasto, brejos, matas de galeria, serra e baixada) permite que habitem no local diversas espécies da nossa fauna, e dependendo ainda da época do ano, acolhe também espécies de animais em migração altitudinal e latidudinal.
O número de espécies de aves da região está estimada ao redor de 300. Na Reserva e Fazenda Mandala, a primeira a realizar este tipo de estudo na área, foram levantadas na primeira fase do projeto 213 espécies (ano 2000). Lá foram registrados o gavião-pega-macaco (Spizaetus tyrannus), papagaio-de-peito-roxo (Amazona vinacea), cuiú-cuiú (Pionopsitta pileata), apuim-de-costas-pretas (Touit melanonota), pica-pau-rei (Campephilus robustus), araponga (Procnias nudicollis), todos ameaçados de extinção.
Entre as espécies de mamíferos podemos destacar o mono-carvoeiro ou muriqui (Brachyteles arachnoides), animal-símbolo da cidade e o bugio (Alouatta fusca). O gato-mourisco (Herpailurus yaguarondi), o gato-do-mato (Leopardus sp) e o veado-mateiro (Mazama americana), são animais ameaçados de extinção, cuja ocorrência também foi confirmada no trabalho da Reserva e Fazenda Mandala entre um total de 34 espécies de mamíferos. O lobo-guará (Chrysocyon brachyurus), a onça parda (Puma concolor) e a irara (Eira barbara) também são vistos ocasionalmente.

O Muriqui
Muitos animais silvestres estão ameaçados de extinção por causa da redução de seus habitats e da caça.
Um deles é o muriqui ou mono-carvoeiro, o maior macaco das Américas., ameaçado de extinção, só encontrado nos remanescentes da Mata Atlântica do Sudeste do Brasil.
O muriqui foi escolhido como símbolo de São Francisco Xavier para demonstrar a riqueza natural das montanhas que cercam o distrito e a necessidade de sua preservação.
Por isso, preservar as belezas naturais de São Francisco Xavier é preservar o local que o muriqui escolheu para fazer sua morada e dar continuidade a sua espécie.
É também um lembrete dos moradores que pedem respeito para si, suas famílias e para a região que lhes oferece o sustento.

Conclusão
A importância das áreas de mata primária e em recuperação se reflete na qualidade da fauna, com muitas espécies endêmicas e ameaçadas de extinção. Isso torna, portanto, a região de grande valor ecológico, sendo um convite a pesquisadores e amantes da natureza para visitarem e conhecerem esta parte da nossa minguada Mata Atlântica.
A nível político e econômico, isto permite atrair investimentos de cunho preservacionista e para o turismo ecológico e rural.